DNK drevnog virusa može pomoći u ubijanju modernog karcinoma?
24 Ruj 2019
- Detalji
- Kategorija: Iz svijeta
- Kreirano: Utorak, 24 Rujan 2019 14:08
- Napisao/la Danijel Folnegović
- Hitovi: 7076
Vrijeme je za onaj trenutak „Ovo bi moglo promijeniti sve!“ U kojem odlučujete bi li nedavno otkriće moglo promijeniti nešto o nečemu, da li je jednostavno zanimljivo ili je samo još jedna pretjerana tvrdnja. Kao što je to često slučaj, ova priča dolazi iz svijeta istraživanja genoma. Zapravo, to je naziv časopisa u kojem je nedavno objavljen članak o istraživanju DNK drevnih virusa koji su zarazili naše pretke, ali koji će nas sada moći spasiti od raka. Hoće li to doista promijeniti sve što se tiče raka?
"Disregulirani endogeni retroelementi (ERE) sve se više uključuju u pokretanje, napredovanje i imunološki nadzor ljudskog karcinoma."
"Disregulirani endogeni retroelementi" bilo bi sjajno ime za bend koji čine bivši doktorski kandidati za kemiju, ali to je veliko ime za fragmente DNK koje su u našem genomu ostavili naši preci - neradni komadi koji ne utječu na nas sada, ali možda su pomogli ranim ljudima da prežive napade ubojitih virusa. Dr. George Kassiotis iz Laboratorija za retrovirusnu imunologiju na Institutu Francis Crick u Londonu vodio je tim istraživača koji su češljali retrovirusnu DNK, koja čini oko 8 posto ljudskog genoma, što je znatno veći postotak od dva posto koja čine poznati geni.
„U ovom istraživanju tražili smo virusnu DNK koja se reaktivira rakom i proizvode supstance koje imunološki sustav može vidjeti. Nadam se da ako treniramo imunološki sustav da ih opazi, možemo selektivno ciljati na stanice raka. "
Doktor Kassitosis rekao je za Medical Xpress svrhu studije jer su uzimali uzorke od pacijenata s 31 različitim vrstama raka koristeći tehnologiju nazvanu RNASeq, vodeći postupak sekvenciranja DNK koji otkriva prisutnost i količinu RNA u biološkom uzorku na dani trenutak. Nažalost, ti fragmenti RNA su maleni i slučajni, tako da može potrajati i do 50 milijuna "čitanja" po uzorku da bi se stvorila cjelovita slika onoga što se dogodilo kad je virusna DNA napala stanicu raka. Dr Kassitosis daje izvrstan opis stupnja teškoće ovog zadatka:
"To je uspoređivanje s pokušajem čitanja časopisa koji je isjeckan u milijune komada, kad ni ne znate o čemu bi časopis trebao biti ili na kojem je jeziku. Sve što imate su nasumični fragmenti, pa ih dijelite zajedno i trebate vidjeti gdje se preklapaju."
Bez obzira na to, oni su ustrajali - uz pomoć Crickovog internog visokog računalnog klastera. Ogroman računalni sustav pomogao je timu smanjiti ovu ogromnu količinu isjeckanog komada časopisa DNK na 130.000 različitih transkripata RNA, zatim na 6.000 transkripata koji su posebno pronađeni u uzorcima raka, zatim na one transkripte koji su bili transkripti specifični za melanom, zatim na 14 kandidata transkripte koji bi mogli proizvesti jedinstvene antigene raka, i konačno „devet jedinstvenih peptida koji bi mogli biti vidljivi imunološkom sustavu.“ To je impresivan računalni zadatak, ali je li sve promijenilo? Neke stvari? Bilo što?
"Nadamo se da bi ovaj pristup mogao biti osnova budućih terapija protiv raka, ako uspijemo cijepiti imunološki sustav da prepozna i napadne stanice raka koje predstavljaju ove peptide."
Recimo samo da je ovo otkriće definitivno na putu za promjenu svega. Ipak, uzbudljive su vijesti koje naglašavaju važnost istraživanja predanosti i korištenja ogromne količine računalne snage za dobro… umjesto za hakiranje zapisa o vašim kreditnim karticama.
Comments powered by CComment